使用微波炉对饭菜进行加热解冻，用微波炉煮菜蒸饭，用微波炉烤鱼鱼，用微波炉烤虾，用微波炉制作甜点，用微波炉做爆米花，相信很多人都会，但微波炉的另外一个功能，微波杀菌却很少被人所利用，这里通过一个应用实例来说明微波炉巧用为食品杀菌设备。
微波炉是利用电磁场能微波对物料的作用对物体进行加热、干燥、杀菌。微波加热是极高频率的电磁振荡作用于具有电极性的物料分子，使其分子排列趋向剧烈变化，而产生激烈的类似于“摩擦”的效果。使物体变热。此过程即微波的电磁场能量转化为热能。水分子是极性分子，强烈吸收微波。含有水分的物料在受到足够的微波辐射时，其中的水分子吸收微波很快的升温。
微波杀菌是微波的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，是细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡；生物效应是微波电磁场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细胞因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲形大分子。足够强的微波场可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变，甚至断裂。微波灭菌正是利用了电磁场的热效应和生物效应对生物的破坏作用，因此，微波杀菌温度低于常规方法，仅要70-105℃，时间仅约需3-5分钟。
这里所说的巧用微波炉作为微波杀菌设备是采用经常用来清理厨房卫生的抹布，有人做过试验检其菌落总数达到500万，放进微波炉杀菌５分钟后菌落总数变为零，杀菌效果相当了得。